Dupa dezmembrarea Imperiului vechi, a avut loc cea de-a treia reunificare a Chinei, in timpul dinastiei Sui (581-618) si Tang (618-907). Medicina chineza atinge in aceste timpuri apogeul.
In anul 624 este creat Serviciul medical, care supervizeaza studiile de medicina si organizeaza si activitati de cercetare. Sint descrise sistematic numeroase maladii: holera lepra, variola, rujeola, tuberculoza pulmonara si cea osoasa. In therapeutica se aplica tratamentul cataractelor, tratamentul ortopedic al fracturilor. Cariile dentare sint tratate prin obstructii si plombe. Unul dintre medicii celebri ai acestei perioade este Suen Zheng Qi Miao (581-682), iar lucrarea teoretica cea mai cunoscuta este "Nei Jing" (Canonul medicinii chineze).
Dupa inlaturarea dinastiei Tang a urmat o perioada de peste 50 de ani de anarhie militara si suverani efemeri, numita si "a celor Cinci Dinastii".
Unul dintre acesti sefi militari a reusit sa fondeze dinastia Song, care a durat mai bine de trei secole (960-1279). Epoca de pace a favorizat progresul vietii intelectuale. Scrierile s-au raspindit enorm, gratie tiparului, sau mai bine zis xilografiei. Apar acum mari savanti polivalenti, precum Chen Kua (1031-1095), care este arhitect, medic, agronom si istoriolog sau Jien Yin (1035-117), unul dintre cei mai mari pediatri. Medicul Wang Wei Yi (1026) scrie un compendiu de acupunctura. Medicina legala isi face si ea aparitia cu Si Yuan Lu si Song Zi (1188-1249), prima disectie datind din anul 1106. Primul tratat de medicina legala (in trei volume) este scris in anul 1247, raminind si azi surprinzator de modern.
Perioada de mongolizare care urmeaza este acompaniata de o serie de distrugeri si devastari. In aceasta perioada se dezvolta insa comertul, iar in anul 1271 ajung aici negustorii venetieni, printre care si Marco Polo, care a ramas aici 24 de ani. Pe parcursul acestei perioade ajung sa fie cunoscute nume ca:
Hu Zheng Huei (1314-1330), dietetician imperial, a descris maladiile carentiale si tratamentul lor pe baza unei diete rationale, ce excludea medicamentatia. Cel mai cunoscut tratat medical al acestei perioade este «Nan Jing», constituit din comentariile a 81 de fragmente din tratatul"Nei Jing".